Diagnostyka grzybicy nie należy do łatwych, i to z kilku powodów. Po pierwsze- objawy mogą przywodzić na myśl również inne schorzenia. Po wtóre zaś – drobnoustroje mają zdolność do maskowania się. Dlatego też wykrycie grzybicy musi się opierać na szeregu specjalistycznych badań, dostosowanych do konkretnej postaci choroby.
Grzybicę skóry można wykryć poprzez pobieranie próbek z różnych części ciała a także przy pomocy specjalnych lamp (lampy Wooda). Z kolei grzybica jelita grubego jest najłatwiejsza do zdiagnozowania poprzez analizę próbki stolca. Badaniu może podlegać też sok żołądkowy i wymaz z błony śluzowej jamy ustnej – w przypadku podejrzeń o równoczesną grzybicę jamy ustnej, języka. W momencie oddawania próbki kału warto pamiętać o zachowaniu procedur, aby wynik nie był zafałszowany. Jeśli chodzi o diagnozowanie innych rodzajów infekcji – to badanie dotyczy tej części ciała, która mogłaby być zakażona grzybami. Np. w wypadku nawracającego zapalenia pęcherza, analizie poddawany jest mocz, aby wykluczyć lub potwierdzić podłoże grzybicze tej infekcji.
Często wykonywane jest badanie krwi. Pomaga ono wykryć czy w organizmie występuje grzybica (często o zasięgu ogólnoustrojowym), oraz jak radzi sobie z infekcją nasz układ immunologiczny. Mało tego, badanie takie pozwala stwierdzić, w jakim stadium jest choroba. Każdorazowo badania powinien poprzedzać skrupulatny wywiad lekarski. Pozwoli on ustalić, czy pacjent był dotknięty wzmożonym ryzykiem wystąpienia grzybicy (np. ze względu na osłabioną kuracją antybiotykową odporność organizmu itp.).